《高通量基因测序仪性能测定方法》由TC481（全国仪器分析测试标准化技术委员会）归口上报及执行，主管部门为科技部。

目前针对高通量测序仪的定义及数据规范已发表相应行业标准、测序技术规程及序列格式规范，包括YY/T 1723-2020《高通量基因测序仪》、GB/T 30989-2014 《高通量基因测序技术规程》、GB_T 35890-2018 《高通量测序数据序列格式规范》、GB_T 35537-2017 《高通量基因测序结果评价要求》等。

而对于高通量测序仪性能检测，仅在特定基因测序应用形成相应国家或行业标准，如GB/T 40226-2021《环境微生物宏基因组检测 高通量测序法》、GA/T 1693-2020 《法庭科学 DNA二代测序检验规范》、GB-T 37870-2019 个体鉴定的高通量测序方法、GB-T 38570-2020 植物转基因成分测定 目标序列测序法、 YY/T 1657-2019 胚胎植入前染色体非整倍体检测试剂盒(测序法)、 YY/T 1801-2021 胎儿染色体非整倍体21三体18三体和13三体检测试剂盒（高通量测序法）等，缺乏对于高通量测序仪在出厂、使用中对于仪器性能测定流程的通用原则和技术方法的国家标准。