国家标准计划《新型冠状病毒全基因组测序通用技术要求》由 TC136（全国医用临床检验实验室和体外诊断系统标准化技术委员会）归口 ，主管部门为国家药监局。

主要起草单位 中国食品药品检定研究院 。

自2019年以来，严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）已在全球范围内传播。

SARS-CoV-2变异株的不断出现，使全球经历几波冠状病毒疾病流行的危机。

截至2023年1月，SARS-CoV-2变异株主要分型包括B.1.1.7（Alpha），B.1.351（Beta），B.1.429（Epsilon），B.1.526（lota），P.1（Gamma），B.1.617.2（Delta）以及B.1.1.529（Omicron）等。

其中Omicron变异株又包含BA.2、BA.5.2、BF.7、BQ.1、CH.1.1、XBB、XBB.1.5等亚型。

有研究表明，SARS-CoV-2是一种包膜的正链RNA病毒，基因组为30千碱基，像所有病毒一样，随着时间的推移，它会积累形成核苷酸突变，这些突变导致不同的病毒谱系的形成。

这些新冠变异株在SARS冠状病毒S蛋白的受体结合域（RBD）中发生关键性突变，病毒的传播效率增强，感染者临床症状更为严重，病毒的免疫逃逸能力增强，并且降低当前疫苗的免疫效果。

目前新冠变异体监测的方法主要有WGS测序技术、靶向测序技术、宏基因组新一代测序技术（metagenomics next generation sequencing，mNGS）、qPCR技术、melting-temperature RT-PCR技术、基于CRISPR-Cas13a转录扩增技术等。

WGS测序技术检测成本高、检测周期长，技术要求高，不适合大规模常规样本筛选。

qPCR技术、melting-temperature RT-PCR技术以及基于CRISPR-Cas13a转录扩增技术一般只适用于新冠变异株单个位点检测。

mNGS技术是一种基于二代测序技术的无需培养、无偏好性的病原检测技术，是一种对临床样本中的所有核酸（DNA和/或RNA）进行测序，然后与各个物种的基因组序列对比，从而寻找可能病原体的方法。

但是检测灵敏度是该方法的缺点，这是因为mNGS病原微生物检测中，宿主信息占测序数据量中的90%以上，而病原微生物的信号相对较弱，因此对检测灵敏度的要求较高。

相对于上述监测方法，靶向测序技术较为全面，是基于下一代测序用来检测与疾病或表型相关的目标基因或基因组区域的变异信息。

相对于全外显子组测序而言，靶向测序具有变异位点筛选和优先排序简单，周转时间更短，偶然发现率低，覆盖率高等优点。

其检测灵敏度较高，好比是同时拿了多个鱼竿去钓鱼，定向去钓我感兴趣的病原微生物，并且因为在测序时只对病原微生物核酸进行测序，这样就可以大幅度提高病原微生物的检测灵敏度，同时降低测序成本。

因此，有必要为基于靶向测序技术的SARS-CoV-2变异株监测制定指南，为下一次新冠变异的发现做准备。

不仅如此，还可以此为文本参考，为下一次疫情的发现做准备。

病毒全基因组测序可用于病毒突变检测分型，对病毒突变监测和疫苗研制等具有重要意义。

在国务院联防联控机制综合组发布的《新型冠状病毒感染防控方案（第十版）》中明确常态化和应急情况下需要开展重点监测工作，主要开展病毒变异监测、个案报告、哨点医院监测、不明原因肺炎监测、城市污水监测等。

但是目前尚无统一的标准对新型冠状病毒全基因组测序的方法和技术要求进行规范，对临床使用上的风险不易把控，所以急需研制一个国家标准规定通用技术要求。

国家标准的制定将有助于规范新型冠状病毒全基因组测序并统一标准。

本文件描述了新型冠状病毒全基因组测序方法的术语和定义、原理、样本类型、试验步骤、质量控制要求等。本文件适用于新型冠状病毒的全基因组测序，包括宏转录组测序法、多重PCR扩增测序法及杂交捕获测序法等。